اگرچه فیلترهای لانه زنبوری مزایای زیادی دارند، اما مانند هر سیستم تصفیه دیگری، محدودیت‌هایی نیز دارند. از جمله:
محدودیت در جذب آلاینده‌های گازی: این فیلترها معمولاً برای جذب ذرات جامد بسیار مؤثر هستند، اما نمی‌توانند گازها و مواد شیمیایی گازی مانند VOCها (ترکیبات آلی فرار) را به خوبی فیلتر کنند. برای این منظور معمولاً از فیلترهای کربن فعال استفاده می‌شود.
نیاز به تعویض یا تمیز کردن: با توجه به حجم بالای ذراتی که جذب می‌کنند، باید به صورت دوره‌ای تعویض یا تمیز شوند تا کارایی مطلوب خود را حفظ کنند.

کارایی بالا:
فیلترهای HEPA لانه زنبوری قادر به حذف 99.97% از ذرات با اندازه 0.3 میکرون و بزرگتر هستند. این فیلترها برای حذف ذرات ریز گرد و غبار، آلرژن‌ها، باکتری‌ها، ویروس‌ها و سایر آلاینده‌های موجود در هوا بسیار موثر هستند.
جذب و تصفیه مؤثر:
فیلتر لانه زنبوری توانایی جذب ذرات ریز، گرد و غبار، آلودگی‌ها، دود، و بخارات را دارد. این فیلترها به دلیل وجود منافذ ریز و ساختار متراکم خود، می‌توانند ذرات معلق در هوا را به صورت مؤثر جذب کنند.
مقاومت بالا در برابر فشار و دما:
بسته به جنس مواد استفاده‌شده، فیلترهای لانه زنبوری می‌توانند در دماهای بالا (حتی تا 1000 درجه سانتی‌گراد در برخی مدل‌ها) و فشارهای مختلف عملکرد خوبی داشته باشند. این ویژگی باعث می‌شود که این فیلترها در محیط‌های صنعتی با شرایط سخت کاربرد زیادی داشته باشند.
ظرفیت تصفیه ذرات معلق:
فیلترهای لانه زنبوری به دلیل ساختار شش‌ضلعی و متراکم خود می‌توانند ذرات بسیار ریز و میکروسکوپی را از جریان هوا جدا کنند. این فیلترها قادر به تصفیه ذرات تا اندازه‌های میکرونی (PM2.5) یا حتی نانو می‌باشند.